신체적인 경우는 출산, 내분비적원인, 질환 및 약물, 신경 및 근육 손상등이 있습니다.
여성의 경우 임신과 출산으로 인해 분만시 회음부의 파열이나 회음절개로 출산 후 신경 및 근육이 손상되서 성기능 장애가 발생하기도 하며 손상부위 통증으로 인한 성교시 성교통이 발생하게 됩니다. 또한 골반근육이 현저히 약해져 성기능 장애가 오기도 합니다.
질에 염증이 있거나 방광염 당뇨병 같은 질환이 있으면 성기에 혈액순환 및 감각이 이상이 생겨 성기능 장애가 올 수 있으며 수면제 피임약, 마약성 진통제 도 원인이 될 수 있습니다.